一款集成开发环境软件除了代码编辑、编译和调试这些基本功能外，也会集成其他工具软件，方便工程师们更高效的开发。MounRiverStudio(MRS)使用了主菜单扩展的方式，将实用的工具软件添加到软件平台中。软件工具包含、但不仅限于设备管理器、内核烧录的等工具。随着逐渐丰富的内核分析需求，软件工具会一直完善并集成添加。
工具软件的菜单入口位于主菜单Tools下，以分隔线将厂商烧录工具、系统实用工具、WCH-Link烧写软件分组。
沁恒厂家的编程辅助工具，适用于对BOOT模式下的WCH开发板芯片进行flash操作，也适用于在BOOT模式下对WCH-Link芯片进行擦除、编程。点击Tools下WCHIn-SystemProgrammer菜单项，弹出软件界面。通过USB口连接芯片，ISP软件就能够枚举到设备芯片型号，在左下角显示，同时自动切换到所处系列的tab页面。用户即在对应的系列下，选择目标文件，勾选相关选项执行需要的操作。
兆易创新的的All-In-One烧写软件，基于GD芯片中的bootloader，通信接口支持UART和USB，支持对单片机flash进行编程/擦除/读取的基本操作。
Windows计算器程序，方便于工程师开发过程中进行数值运算、进制运算。
Windows设备管理器，适用于硬件交互过程中查看系统接口状态、设备ID的场景。
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将会导出压缩包到指定系统未知。解压后，包含的可执行程序为脱离MRS平台能够单独运行的MCU编程软件，实现了WCH-Link之间的通信协议，支持查询、使能/解除设备的读保护状态，支持全擦、编程、校验、复位的操作组合。